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實(shí)時熒光定量PCR
一個極有效的實(shí)驗(yàn)方法
實(shí)時熒光定量PCR （Quantitative Real-time PCR）是一種在DNA擴(kuò)增反應(yīng)中，以熒光化學(xué)物質(zhì)測每次聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。通過內(nèi)參或者外參法對待測樣品中的特定DNA序列進(jìn)行定量分析的方法。
Real-timePCR是在PCR擴(kuò)增過程中，通過熒光信號，對PCR進(jìn)程進(jìn)行實(shí)時檢測。由于在PCR擴(kuò)增的指數(shù)時期，模板的Ct值和該模板的起始拷貝數(shù)存在線性關(guān)系，所以成為定量的依據(jù)。
基本信息
| 中文名 | 實(shí)時熒光定量多聚核苷酸鏈?zhǔn)椒磻?yīng) |
| 外文名 | Real-timeQuantitativepolymerase chain reaction |
| 簡稱 | 實(shí)時熒光定量PCR |
| 外文簡稱 | qPCR |
工作原理
所謂實(shí)時熒光定量PCR技術(shù)，是指在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán)，利用熒光信號積累實(shí)時監(jiān)測整個PCR進(jìn)程，最后通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知模板進(jìn)行定量分析的方法。
檢測方法
1.SYBRGreenⅠ法：
在PCR反應(yīng)體系中，加入過量SYBR熒光染料，SYBR熒光染料特異性地?fù)饺隓NA雙鏈后，發(fā)射熒光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發(fā)射任何熒光信號，從而保證熒光信號的增加與PCR產(chǎn)物的增加完全同步。
實(shí)時熒光定量PCR
SYBR定量PCR擴(kuò)增熒光曲線圖
PCR產(chǎn)物熔解曲線圖（單一峰圖表明PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的單一性）
2.TaqMan探針法：
探針完整時，報告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號被淬滅基團(tuán)吸收；PCR擴(kuò)增時，Taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離，從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號，即每擴(kuò)增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實(shí)現(xiàn)了熒光信號的累積與PCR產(chǎn)物的形成完全同步。
技術(shù)原理
將標(biāo)記有熒光素的Taqman探針與模板DNA混合后，完成高溫變性，低溫復(fù)性，適溫延伸的熱循環(huán)，并遵守聚合酶鏈反應(yīng)規(guī)律，與模板DNA互補(bǔ)配對的Taqman探針被切斷，熒光素游離于反應(yīng)體系中，在特定光激發(fā)下發(fā)出熒光，隨著循環(huán)次數(shù)的增加，被擴(kuò)增的目的基因片段呈指數(shù)規(guī)律增長，通過實(shí)時檢測與之對應(yīng)的隨擴(kuò)增而變化熒光信號強(qiáng)度，求得Ct值，同時利用數(shù)個已知模板濃度的標(biāo)準(zhǔn)品作對照，即可得出待測標(biāo)本目的基因的拷貝數(shù)。
Ct 值
1. 熒光閾值（threshold）的設(shè)定
PCR反應(yīng)的前15個循環(huán)的熒光信號作為熒光本底信號，熒光閾值的缺省（默認(rèn)）設(shè)置是3-15個循環(huán)的熒光信號的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍，即：threshold = 10*SDcycle 3-15
2. Ct值與起始模板的關(guān)系
每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在線性關(guān)系，公式如下。
Ct=-1/lg(1+Ex)*lgX0+lgN/lg(1+Ex)
n為擴(kuò)增反應(yīng)的循環(huán)次數(shù)，X0為初始模板量，Ex為擴(kuò)增效率，N為熒光擴(kuò)增信號達(dá)到閾值強(qiáng)度時擴(kuò)增產(chǎn)物的量。
起始拷貝數(shù)越多，Ct值越小。利用已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品可作出標(biāo)準(zhǔn)曲線，其中橫坐標(biāo)代表起始拷貝數(shù)的對數(shù)，縱坐標(biāo)代Ct值。因此，只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標(biāo)準(zhǔn)曲線上計(jì)算出該樣品的起始拷貝數(shù)。
熒光化學(xué)物質(zhì)
1. TaqMan熒光探針：PCR擴(kuò)增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標(biāo)記一個報告熒光基團(tuán)和一個淬滅熒光基團(tuán)。探針完整時，報告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號被淬滅基團(tuán)吸收；PCR擴(kuò)增時，Taq酶的5'－3'外切酶活性將探針酶切降解，實(shí)現(xiàn)了熒光信號的累積與PCR產(chǎn)物形成完全同步。而新型TaqMan-MGB探針使該技術(shù)既可進(jìn)行基因定量分析，又可分析基因突變（SNP），有望成為基因診斷和個體化用藥分析的首選技術(shù)平臺。
2. SYBR熒光染料：在PCR反應(yīng)體系中，加入過量SYBR熒光染料，SYBR熒光染料非特異性地?fù)饺隓NA雙鏈后，SYBR僅與雙鏈DNA進(jìn)行結(jié)合，因此可以通過溶解曲線，確定PCR反應(yīng)是否特異。
3.分子信標(biāo)：是一種在5和3末端自身形成一個8個堿基左右的發(fā)夾結(jié)構(gòu)的莖環(huán)雙標(biāo)記寡核苷酸探針，兩端的核酸序列互補(bǔ)配對，導(dǎo)致熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)緊緊靠近，不會產(chǎn)生熒光。PCR產(chǎn)物生成后，退火過程中，分子信標(biāo)中間部分與特定DNA序列配對，熒光基因與淬滅基因分離產(chǎn)生熒光。
傳統(tǒng)定量PCR
1．傳統(tǒng)定量PCR方法簡介
（1）內(nèi)參照法：在不同的PCR反應(yīng)管中加入已定量的內(nèi)標(biāo)和引物，內(nèi)標(biāo)用基因工程方法合成。上游引物用熒光標(biāo)記，下游引物不用標(biāo)記。在模板擴(kuò)增的同時，內(nèi)標(biāo)也被擴(kuò)增。在PCR產(chǎn)物中，由于內(nèi)標(biāo)與靶模板的長度不同，二者的擴(kuò)增產(chǎn)物可用電泳或高效液相分離開來，分別測定其熒光強(qiáng)度，以內(nèi)標(biāo)為對照定量待檢測模板。
（2）競爭法：選擇由突變克隆產(chǎn)生的含有一個新內(nèi)切位點(diǎn)的外源競爭性模板。在同一反應(yīng)管中，待測樣品與競爭模板用同一對引物同時擴(kuò)增（其中一個引物為熒光標(biāo)記）。擴(kuò)增后用內(nèi)切酶消化PCR產(chǎn)物，競爭性模板的產(chǎn)物被酶解為兩個片段，而待測模板不被酶切，可通過電泳或高效液相將兩種產(chǎn)物分開，分別測定熒光強(qiáng)度，根據(jù)已知模板推測未知模板的起始拷貝數(shù)。
（3）PCR－ELISA法：利用地高辛或生物素等標(biāo)記引物，擴(kuò)增產(chǎn)物被固相板上特異的探針?biāo)Y(jié)合，再加入抗地高辛或生物素酶標(biāo)抗體－辣根過氧化物酶結(jié)合物，最終酶使底物顯色。常規(guī)的PCR－ELISA法只是定性實(shí)驗(yàn)，若加入內(nèi)標(biāo)，作出標(biāo)準(zhǔn)曲線，也可實(shí)現(xiàn)定量檢測目的。
2．內(nèi)標(biāo)在傳統(tǒng)定量中的作用
由于傳統(tǒng)定量方法都是終點(diǎn)檢測，即PCR到達(dá)平臺期后進(jìn)行檢測，而PCR經(jīng)過對數(shù)期擴(kuò)增到達(dá)平臺期時，檢測重現(xiàn)性極差。同一個模板在96孔PCR儀上做96次重復(fù)實(shí)驗(yàn)，所得結(jié)果有很大差異，因此無法直接從終點(diǎn)產(chǎn)物量推算出起始模板量。加入內(nèi)標(biāo)后，可部分消除終產(chǎn)物定量所造成的不準(zhǔn)確性。但即使如此，傳統(tǒng)的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。
3．內(nèi)標(biāo)對定量PCR的影響
若在待測樣品中加入已知起始拷貝數(shù)的內(nèi)標(biāo)，則PCR反應(yīng)變?yōu)殡p重PCR，雙重PCR反應(yīng)中存在兩種模板之間的干擾和競爭，尤其當(dāng)兩種模板的起始拷貝數(shù)相差比較大時，這種競爭會表現(xiàn)得更為顯著。但由于待測樣品的起始拷貝數(shù)是未知的，所以無法加入合適數(shù)量的已知模板作為內(nèi)標(biāo)。也正是這個原因，傳統(tǒng)定量方法雖然加入內(nèi)標(biāo)，但仍然只是一種半定量的方法。
實(shí)時熒光定量PCR
實(shí)時熒光定量PCR技術(shù)有效地解決了傳統(tǒng)定智能能終點(diǎn)檢測的局限，實(shí)現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測一次熒光信號的強(qiáng)度，并記錄在電腦軟件之中，通過對每個樣品Ct值的計(jì)算，根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線獲得定量結(jié)果。因此，實(shí)時熒光定量PCR無需內(nèi)標(biāo)是建立在兩個基礎(chǔ)之上的：
（1）Ct值的重現(xiàn)性PCR循環(huán)在到達(dá)Ct值所在的循環(huán)數(shù)時，剛剛進(jìn)入真正的指數(shù)擴(kuò)增期（對數(shù)期），此時微小誤差尚未放大，因此Ct值的重現(xiàn)性極好，即同一模板不同時間擴(kuò)增或同一時間不同管內(nèi)擴(kuò)增，得到的Ct值是恒定的。
（2）Ct值與起始模板的線性關(guān)系由于Ct值與起始模板的對數(shù)存在線性關(guān)系，可利用標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知樣品進(jìn)行定量測定，因此，實(shí)時熒光定量PCR是一種采用外標(biāo)準(zhǔn)曲線定量的方法。
外標(biāo)準(zhǔn)曲線的定量方法相比內(nèi)標(biāo)法是一種準(zhǔn)確的、值得信賴的科學(xué)方法。利用外標(biāo)準(zhǔn)曲線的實(shí)時熒光定量PCR是迄今為止定量最準(zhǔn)確，重現(xiàn)性最好的定量方法，已得到全世界的公認(rèn)，廣泛用于基因表達(dá)研究、轉(zhuǎn)基因研究，藥物療效考核、病原體檢測等諸多領(lǐng)域。
實(shí)時熒光定量PCR的定量方法
在Real-timePCR中，模板定量有兩種策略，相對定量和絕對定量。
相關(guān)應(yīng)用
臨床疾病診斷
各型肝炎、艾滋病、禽流感、結(jié)核、性病等傳染病診斷和療效評價；地中海貧血、血友病、性別發(fā)育異常、智力低下綜合癥、胎兒畸形等優(yōu)生優(yōu)育檢測；腫瘤標(biāo)志物及瘤基因檢測實(shí)現(xiàn)腫瘤病診斷；遺傳基因檢測實(shí)現(xiàn)遺傳病診斷。
動物疾病檢測
食源微生物、食品過敏源、轉(zhuǎn)基因、乳品企業(yè)阪崎腸桿菌等檢測。
科學(xué)研究
醫(yī)學(xué)、農(nóng)牧、生物相關(guān)分子生物學(xué)定量研究。
應(yīng)用行業(yè)
各級各類醫(yī)療機(jī)構(gòu)、大學(xué)及研究所、CDC、檢驗(yàn)檢疫局、獸醫(yī)站、食品企業(yè)及乳品廠等。
由于qPCR是實(shí)時定量檢測致病病原體基因核酸，因此它比化學(xué)發(fā)光、時間分辨、蛋白芯片等免疫學(xué)方法更具獨(dú)到優(yōu)勢。
關(guān)于名稱
根據(jù)MIQE（Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments）的指導(dǎo)方針，qPCR為Quantitative real-time PCR的簡稱，RT-qPCR指的是Reverse transcription–qPCR，RT-PCR僅用來表示Reverse transcription polymerase chain reaction，而不是Real-time PCR，但是有少數(shù)作者并沒有堅(jiān)持這一原則。
檢測H7N9禽流感的主要方法
2013年春季，中國內(nèi)地發(fā)生多起H7N9禽流感染人人類事件，截至4月6日下午五時，全國共報告18例人類感染，6人死亡。針對此次禽流感事件，對送檢樣本進(jìn)行H7N9檢測的方法共有兩種，一種是進(jìn)行核酸檢測，即采用實(shí)時熒光定量PCR方法對H7N9的特異性核酸進(jìn)行檢測；另一種一種就是對樣本進(jìn)行H7N9病毒分離鑒定，直接獲取毒株。“核酸檢測快速準(zhǔn)確，是現(xiàn)在實(shí)驗(yàn)室采用的主要檢驗(yàn)方法。”專家說，H7N9特異性核酸檢驗(yàn)耗時短，從完成樣本處理到最后獲取檢測結(jié)果，進(jìn)行確診，整個過程在3-5個小時內(nèi)完成，可實(shí)現(xiàn)對病毒的快速診斷。
檢測過程分為三個步驟：對醫(yī)院采集樣本進(jìn)行標(biāo)本處理，如果發(fā)現(xiàn)可疑病例，將由當(dāng)?shù)蒯t(yī)院專業(yè)的醫(yī)護(hù)人員進(jìn)行采樣，主要提取患者的咽拭子樣本或含漱液、鼻拭子、肺部清洗液的樣本，安全保存后送至實(shí)驗(yàn)室開展病毒檢測；提取病毒核酸，隨后與H7N9核酸檢測試劑配成反應(yīng)體系，因?yàn)闄z測試劑主要針對H7N9的特異性核酸片段會起反應(yīng)。可以說，通過這個試劑能快速確定病人是否感染了H7N9禽流感病毒；放入熒光定量PCR儀做病毒核酸特異擴(kuò)增，進(jìn)行熒光定量檢測，最后結(jié)果進(jìn)行檢測分析，判斷是否呈陽性反應(yīng)。
浙江省公共衛(wèi)生檢驗(yàn)檢測重點(diǎn)學(xué)科群首席專家、應(yīng)急監(jiān)測關(guān)鍵技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任盧亦愚教授，介紹了浙江省自行合成H7N9禽流感檢測試劑：
“H7N9禽流感檢測試劑被放置在食指大小的密封透明試管里。每套檢測試劑由6份EP管組成，包含白色的水滴形小管‘引物’，以及棕色小管‘探針’。引物和探針主要是針對H7N9特異性核酸片段。目前這些試劑被放在專用試劑盒中，放置在專用冰箱保存。”
參考資料
[1]
在線講座：內(nèi)參在real-time PCR病原體檢測中的應(yīng)用 · 丁香通[引用日期2013-04-07]
[2]
浙江省疾控中心專家回答三大防控焦點(diǎn)問題 · 新浪浙江[引用日期2013-04-07]
[3]
熒光定量PCR：簡介，原理，應(yīng)用 · 丁香通[引用日期2013-04-07]
實(shí)時熒光定量PCR相關(guān)的文章
腦外傷多由頭部突然的加速或減速運(yùn)動、頭部快速撞擊不能移動的硬物、高空墜落、跌倒、頭部遭受暴力等造成的腦損傷。交通事故傷是腦外傷最常見的原因，其次為墜落傷、火器、暴力、摔倒、異物貫通、自然災(zāi)害、工傷事故等。腦外傷不同的損傷部位癥狀不同，包括運(yùn)動、感覺、言語、視覺、聽覺等方面異常。腦外傷急性期時治療以維
華山古稱太華山，位于中國陜西省渭南市華陰市城南，為中華五岳之西岳。華山南依秦嶺，北臨渭水，雄踞關(guān)中平原東部，以“奇險天下第一山”聞名于世，也有”華山自古一條路“的說法，景區(qū)占地面積約148平方千米。
正統(tǒng)為中國明朝第六位皇帝明英宗朱祁鎮(zhèn)第一個年號（1436年-1449年），始于1436年（正統(tǒng)元年），至1449年（正統(tǒng)十四年），共十四年。
葡萄酒（漢語世界有時以紅酒稱之）是經(jīng)過發(fā)酵的葡萄或葡萄汁制作而成的酒精飲料。葡萄酒主要由水和酒精（乙醇）組成，但也有芳香化合物、酸、酚類物質(zhì)、二氧化碳等其他物質(zhì)。一般葡萄酒中酒精含量7%到16%（體積分?jǐn)?shù)），但在部分特種葡萄酒中，酒精含量可達(dá)20%（體積分?jǐn)?shù)）。
尚可名片
這家伙太懶了，什么都沒寫！
作者
