
內含子
一類(lèi)新的可動(dòng)因子即第一類(lèi)內含子(groupIintron)已被發(fā)現,它們廣泛在于各種生物的線(xiàn)粒體、葉綠體及基因組內,內含子移動(dòng)分內含子回歸(intronloss)和內含子轉座(imtrontransposition),前者已為實(shí)驗證實(shí),后者則尚未被證實(shí)。一、第一類(lèi)內含子可動(dòng)現象的發(fā)現和被步研究
1975年,人們以啤酒酵母菌mt-DNA某些突變?yōu)闃擞涍M(jìn)W+XW-雜交,發(fā)現W+傳遞到了代的比例為95%而W-幾乎為零,現象上好似發(fā)生了單方賂基因轉變(unidirectionalgeneconversion)。從W-到W+,由于W+中有內含子ScLDU.1,而W-則無(wú),故人們認為上述現象與該內含了有關(guān)。順序分析發(fā)現該內含子中存在一個(gè)可讀框PRF,起始于A(yíng)UG,共長(cháng)235個(gè)密碼子,為確定該產(chǎn)物的生化功能,人們以?xún)群由舷掠蔚囊恍└缓珿C的順序作為探針來(lái)研究W+XW-雜交中兩不同階段的mtDNA,即:(1)合子剛形成時(shí)的mt-DNA,此時(shí)雙親的mt-DNA同時(shí)存在于一個(gè)細胞中;(2)幾個(gè)細胞世代以后,當細胞是同質(zhì)體時(shí)的mt-DNA。通過(guò)對W+XW-的子代中的同質(zhì)體克隆的觀(guān)察發(fā)現,內含子ScLSU.在子代中的傳遞效率高達95%,恰好與W+情況相吻合,而mt-DNA上遠離ScLSU.內含子發(fā)生了單方向基因轉變,而且在單方向基因轉變同時(shí)還發(fā)生距該內含子上下游幾百bp范圍的側翼DNA順序的共轉變,其頻率隨距內含子的距離的增加而減小。 而當研究W+XW-中的合子剛形成時(shí)的mt-DNA時(shí),發(fā)現在無(wú)內含子(intronless)LSU基因的內含子插入位發(fā)生一個(gè)雙鏈斷裂,該斷裂將隨合子的長(cháng)大而消失,推測與內含子插入引起的DNA修復有關(guān)。同時(shí),當Wd突變體和無(wú)內含子的野生型雜交時(shí),發(fā)現沒(méi)有內含子的單方向基因轉變發(fā)生,核苷酸順序分析表明Wd突變原因是在內含子ORF的不同位置發(fā)生了移碼突變、無(wú)義突變和多個(gè)堿基置換,說(shuō)明該內含子的翻譯產(chǎn)物在I-(intronless)基因的雙鏈斷裂形成中起著(zhù)直接或間接的作用,1986所有人用通用遺傳密碼構建了一個(gè)等同于ScLSU.1內含子ORF的順序,發(fā)現它在E.coli中能表達為一個(gè)內切核酸酶,并可高度特異地切割帶內含子切割序的mt-DNA,該識別順序共長(cháng)18bp,切割后可產(chǎn)生4bp伸出的3'-OH末端以插入內含子,而內含子一旦插入到無(wú)內含子順序后,該順序就被分割成兩部分,無(wú)法再為內切核酸酶識別,從而可陰止I+基因的自切割,使基因變均表現為單方向的,即從I+到I-。通過(guò)對酵母W系統的研究可概括出第一類(lèi)內含子可動(dòng)的三個(gè)條件: (1)一個(gè)基因的兩種功能形式的存在,即I+和I-,且能通過(guò)雜交進(jìn)行遺傳交換;
(2)在內含子中要存在一咱ORF,并編碼有功能的雙鏈內切核酸酶;
(3)在無(wú)內含子基因中存在呆為該內切梳酸酶識別的順序。
在W系統研究之后,人們通過(guò)許多雜交實(shí)驗又發(fā)現了一系列可動(dòng)的第一類(lèi)內含子,例Chlamydomonaseugametos的cp-DNA中的CeLSU.5、Saccharomycescererisiae中的Sccox1.4,T4噬菌體中的T4td.1和T4aunY.1,Physarumpolycephalum的PpLSU.3及Neurosporacrassa中的含子Ncnd1,1等。 
內含子和 外顯子
二、第一類(lèi)內含子可動(dòng)的可能機制第一類(lèi)內含了DNA的內部ORF表達,產(chǎn)生一個(gè)雙鏈內切核酸酶,該酶識別無(wú)內含子的同一基因上的順序并結合上去,酶切產(chǎn)生具有4bp伸出析3'-OH末端的雙鏈斷裂,然后以I+基因的未切割的同源順序作為模板來(lái)修復雙鏈斷裂,該修復機制延伸到側翼區域,導致共轉變,而內含子一旦插入后,它本身既可產(chǎn)生內切核酸酶,也可作為修復斷裂的模板,從而使整個(gè)過(guò)程可不斷進(jìn)行。
內含子轉座也通過(guò)相同的過(guò)程進(jìn)行,由于內切核酸酶識別順序可存在于三種位置:(1)同一基因的拷則;(2)不同基因;(3)基因間區域,這三種情況下的內含子插入,導致三種不同結果,第一種情況在內含子插入后產(chǎn)生內含子回歸;第二種導致轉座,因為插入新位點(diǎn)的內含子進(jìn)行有效的RNA剪接;第三種情況也導致轉座,但由于插入的內含子DNA無(wú)法轉錄,故它將經(jīng)隨機突變而消失。同時(shí),在雙鏈斷裂的修復中,切點(diǎn)周?chē)捻樞蚝臀辞懈钅0宓耐怙@順序之間的同源性對修復亦很重要,同源性越高,修復效率越高。所以,內含子回歸很常見(jiàn),而內含子轉座則很少見(jiàn)。 另處,內含子轉座也可通過(guò)RNA中介進(jìn)行,基因Gl(I+)經(jīng)轉錄和自剪接產(chǎn)生被切下來(lái)的內含子RNA,該RNA通過(guò)反向剪接整合到另一個(gè)基因G2(I-)中,再經(jīng)逆轉錄和重組,產(chǎn)生帶有I的G2,這種情況主要是在四膜蟲(chóng)中發(fā)現的。 
內含子
三、第一類(lèi)內含子可動(dòng)現象的作用和意義內含子DNA順序插入到一個(gè)新位置,應帶來(lái)它的轉錄和剪接問(wèn)題,內含子回歸不存在這個(gè)問(wèn)題,因為I+基因本身可正常轉錄和剪接。但是,就內含子轉坐而言,由于內含子本身無(wú)啟動(dòng)子,其轉坐有賴(lài)于宿主基因,所以,內含子轉座常導致產(chǎn)生一個(gè)無(wú)活性的內含子,它將因無(wú)法時(shí)行有效轉錄而通過(guò)隨機突變在進(jìn)化中消失,故內含子轉座的頻率很低。
同時(shí),當內含子插入到某一基因后,要保持該基因的正常功能,就必須有效的進(jìn)行RNA剪接,第一類(lèi)內含子的剪接和內含子的IGS(internalguidesequence)順序與上游外顯子之間堿基配對的相互作用有關(guān),故一個(gè)成功的內含子插入依賴(lài)于該內含子能夠與新的基因相匹配。同時(shí),資料表明,許多第一類(lèi)內含子的上游外顯子有短的保留下游外顯子沒(méi)有,故推測可能內含子發(fā)生轉座后,可通過(guò)隨機突變或特異的復制機來(lái)適應新的回歸位點(diǎn),以獲得與外顯子的正確匹配,從而成為一個(gè)成功的內含子轉座,當然,轉座中外顯子的共轉變或外顯子通過(guò)隨機突變而適應新插入的內含子兩種方式同樣也能提高內含子和外顯子的匹配,提高內含子轉座的成功率。 既然單方向內含子插入的頻率及高,I-等位基因為何未在群體中消失呢?一種解釋是:I+基因是近期出現的,并將隨時(shí)間推移取代所有I-等位基因;另一種解釋認為是自然不利于含有內含子的細胞的生長(cháng);而目前更多的人認為是內含子回歸和丟失之間的平衡維持第一類(lèi)內含在細胞世代穩定存在,只要插入到合適的位置后能進(jìn)行有效的轉錄和剪接,同時(shí)不給細胞帶來(lái)任何新的表型。在S.cerevisiae中,mt-內含子的剪接功能缺陷型是呼吸缺陷的,而這些內含子發(fā)生缺失后就可得到呼吸正常的野生型表型的回復子,故人們推測內含子丟失的可能機制是:I+RNA發(fā)生剪接,除去內含子,再反轉錄,并通過(guò)受體基因和cDNA外顯子順序之間的同源重組,導致內含子丟失,而實(shí)驗中發(fā)現第二類(lèi)內含子和反轉錄病毒的逆轉錄酶有同源順序, 使人們猜想第一類(lèi)內含子的丟失可能由第二類(lèi)內含子的翻譯產(chǎn)物控制,1989年有人用mss18突變體證明了這一想法,因為實(shí)驗表明,第一類(lèi)內含子Secoxl.5b的發(fā)生缺失需要第二類(lèi)內含子Sccoxl.1Sccoxl.2的存在。
目前對大量的生物研究表明,大批內含子在生物中的分布物不均衡,表示為(1)同一種的不同個(gè)體中,有的有內含子,有的沒(méi)有;(2)同一基因在不同種生物基因組中的內含子的特性,數目位置等不同,如Sccoxl.2b和Ancoxl.3是高度同源內含子插入在不同種的同一回歸位點(diǎn)的例子,這兩種內含子有70%順序相同,但內含子周?chē)耐怙@子順序很不同,從而推測可能是內含子發(fā)生水平轉移的結果,而不同生物不同回歸位點(diǎn)有高度同源內含子存在的事實(shí),如ScLSU.1和Nccob.2也說(shuō)明水平轉移的可能。總之,內含子在不同種或同一種的不同個(gè)體中的不同回歸位點(diǎn)分布的不均可以用內含子回歸和內含子丟失之間的平衡來(lái)解釋?zhuān)诓换貧w位點(diǎn)分布的不均可以用回歸的內含子丟失之間的平衡來(lái)解釋?zhuān)诓煌貧w位點(diǎn)上相似相關(guān)內含子的存在則可能是內含子轉座的結果。而且,如果這種內含子轉座是發(fā)生在極其不同的種之間的話(huà),那么,可能在轉移過(guò)程中還存在著(zhù)某種未知形式的分子載體。當然,這還只是一種設想,有待于進(jìn)一步的證實(shí)。