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單鏈構(gòu)象多態(tài)性（單鏈構(gòu)象多態(tài)性）

次瀏覽 | 更新時間：2023-05-22

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單鏈構(gòu)象多態(tài)性

單鏈構(gòu)象多態(tài)性（single-strand conformation polymorphism，SSCP）是一種分離核酸的技術(shù)，可以分離相同長度但序列不同的核酸（性質(zhì)類似于DGGE和TGGE，但方法不同）。

基本信息

中文名	單鏈構(gòu)象多態(tài)性
外文名	SSCP
定義	分離核酸的技術(shù)
領(lǐng)域	生物學(xué)

原理

單鏈構(gòu)象多態(tài)性

單鏈構(gòu)象多態(tài)性（Single-strand conformation polymorphism，SSCP)分析可以檢測DNA序列之間的不同。SSCP首先由Lee 等用于研究自然微生物群體的多樣性。在低溫條件下，單鏈DNA呈現(xiàn)一種由內(nèi)部分子相互作用形成的三維構(gòu)象，它影響了DNA在非變性凝膠中的遷移率。相同長度但不同核苷酸序列的DNA由于在凝膠中的不同遷移率而被分離。遷移率不同的條帶可被銀染或者熒光標(biāo)記引物檢測，然后用DNA自動測序進(jìn)行分析。用PCR-SSCP技術(shù)可以進(jìn)行序列差異的測定，而敏感度會隨著片段長度的增加而降低。但是只要條帶被凝膠電泳分離開就可以進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育的研究。在Schmalenberger和Tebbe的研究中，測序技術(shù)表明一個單鏈也許包括多種序列，電泳條件也會因此影響基因結(jié)構(gòu)的確定進(jìn)而影響生物多樣性的研究。

實(shí)驗(yàn)步驟

利用PCR從提取出的DNA中擴(kuò)增16S rRNA基因。

利用λ-外切核酸酶消化掉一條鏈（其中一個PCR引物被磷酸化，這條鏈將被去除）。

非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)。

應(yīng)用

單鏈構(gòu)象多態(tài)性可用于預(yù)篩選克隆文庫。

可對其中的某一個條帶進(jìn)行測序，并與數(shù)據(jù)庫中已知序列比對。

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