引物設計是一小段單鏈DNA或RNA，在核酸合成反應時(shí)，作為每個(gè)多核苷酸鏈進(jìn)行延伸的出發(fā)點(diǎn)而起作用的多核苷酸鏈。

中文名

引物設計

外文名

primer design

用途

PCR擴增

所屬學(xué)科

生物學(xué)

釋義

一小段單鏈DNA或RNA

條件

核酸合成反應

簡(jiǎn)介

引物設計是一小段單鏈DNA或RNA，作為DNA復制的起始點(diǎn)，在核酸合成反應時(shí)，作為每個(gè)多核苷酸鏈進(jìn)行延伸的出發(fā)點(diǎn)而起作用的多核苷酸鏈，在引物的3′-OH上，核苷酸以二酯鏈形式進(jìn)行合成，因此引物的3′-OH，必須是游離的。

原則

1、長(cháng)度：15—30bp，其有效長(cháng)度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否則PCR的最適延伸溫度會(huì )超過(guò)Taq酶的最佳作用溫度(74度)，從而降低產(chǎn)物的特異性。

2、G十C含量：應在40%一60%之間，PCR擴增中的復性溫度一般是較低Tm值引物的Tm值減去5—10度。引物長(cháng)度小于20時(shí)，其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。

3、堿基分布的隨機性：應避免連續出現4個(gè)以上的單一堿基。尤其是不應在其3’端出現超過(guò)3個(gè)的連續G或C，否則會(huì )使引物在G十C富集序列區錯誤引發(fā)。

4、引物自身：不能含有自身互補序列，否則會(huì )形成發(fā)夾樣二級結構。

5、引物之間：兩個(gè)引物之間不應有多于4個(gè)的互補或同源堿基，不然會(huì )形成引物二聚體，尤應避免3’端的互補重疊。

6、上下游引物的互補性：一個(gè)引物的3‘末端序列不允許結合到另一個(gè)引物的任何位點(diǎn)上。

7、3’末端：如果可能的話(huà)，每個(gè)引物的3‘末端堿基應為G或C。

8、引物應當超出限制性?xún)惹忻缸R別位點(diǎn)至少3個(gè)核苷酸。